Norint pasirinkti tinkamą magnetinį separatorių, reikia atsižvelgti į daugybę veiksnių, įskaitant medžiagos savybes, apdorojimo pajėgumus, atskyrimo tikslumą ir veikimo aplinką. Pavyzdžiui, smulkiagrūdėms{1}}magnetinėms medžiagoms reikia pasirinkti magnetinį separatorių su dideliu magnetinio lauko stiprumu ir dideliu gradientu; Jei naudojate didelius apdorojimo kiekius, reikia pasirinkti kompaktišką struktūrą ir didelį apdorojimo pajėgumą.
Magnetinio separatoriaus priežiūra yra ne mažiau svarbi. Reguliarus nuolaužų ir dulkių valymas separatoriaus viduje, magnetinio lauko stiprumo ir vienodumo tikrinimas bei greitas susidėvėjusių dalių keitimas yra labai svarbūs norint užtikrinti ilgalaikį ir stabilų magnetinio separatoriaus veikimą.
